本发明涉及生物医学领域。具体地，本发明涉及荚膜减少的活细菌菌株及其用途。更具体地，本发明涉及一种荚膜产生减少的活细菌菌株(例如，金黄色葡萄球菌(staphylococcus aureus)活菌株)，一种包含所述活菌株的抗细菌感染的疫苗，以及一种用于通过施用所述活菌株预防和/或治疗受试者的细菌感染的方法。
背景技术：
1、细菌荚膜是多种细菌细胞表面上普遍存在的结构。荚膜由多糖组成，并且可以是通过各种糖苷键连接的重复单糖的均聚物或杂聚物，这导致了不同范围的分子组成。因此，荚膜多糖已用作血清分型和鉴定细菌菌株的手段[1]。
2、在人类病原体中发现了大量不同的荚膜血清型。细菌荚膜具有多种功能，包括：抗干燥、黏附、抗非特异性宿主免疫、抗特异性宿主免疫，以及介导分子向细胞表面扩散。由于这些相互作用，多糖荚膜被认为是许多细菌病原体的重要毒力因子[1]。
3、已经从包括肺炎链球菌(streptococcus pneumoniae)、金黄色葡萄球菌和b组链球菌(group b streptococci)等许多革兰氏阳性细菌中发现了荚膜基因簇。其中，金黄色葡萄球菌(s.aureus)是社区获得性和健康护理相关的细菌感染的最常见原因之一。金黄色葡萄球菌感染导致多种临床表现，从皮肤和软组织感染到侵袭性疾病，包括血流感染、心内膜炎和败血症。此外，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant s.aureus，mrsa)的出现进一步凸显了金黄色葡萄球菌感染作为全球公共卫生问题的严重威胁。在包封的金黄色葡萄球菌临床分离株中，血清型5和8居多。荚膜多糖5(cp5)和8(cp8)具有相似的三糖重复单元，但糖之间的连接键和单糖残基的o-乙酰化位点不同。然而，先前的报道表明，20％至25％的金黄色葡萄球菌人体分离株不能产生cp5或cp8[2]。
4、若干非常成功的针对其他细菌病原体的疫苗靶向cp，包括针对b型流感嗜血杆菌(haemophilus influenzae type b)，肺炎链球菌(s.pneumoniae)和脑膜炎奈瑟氏球菌(n.meningitidis)，以及血清组a、c、w和y的疫苗。鉴于这些成功，基于cp的金黄色葡萄球菌疫苗候选物已经过临床测试。示例包括：将荚膜蛋白cp5/cp8用于接受血液透析的患者(staphvax,nabi)，将抗cp5和抗cp8抗体的多克隆免疫球蛋白(ig)用于患有复杂性金黄色葡萄球菌血症的患者(altastaph,nabi)，以及将荚膜蛋白cp5/cp8、聚集因子a(clfa)和锰转运蛋白(mntc)的组合用于接受骨科手术的患者(sa4ag,pfizer)。在每种情况下，尽管疫苗接受者体内引发的抗体水平较高，但疫苗接种未能防止感染[3]。此外，gsk先前的i期试验研究了含有四种组分(cp5、cp8、α-毒素(hla)和clfa)的疫苗的安全性和免疫原性，结果发现该疫苗在两年内对金黄色葡萄球菌的携带率没有影响。另一种含有cp5、cp8、hla、panton-valentine杀白细胞素(pvl)和壁磷壁酸的gsk疫苗pentastaph也在ii期停用[4]。
5、如上所述，已经表明，大量致病金黄色葡萄球菌菌株不表达荚膜多糖，这可能是导致过去失败的临床试验中保护作用不一致的重要原因。重要的是，世界上最关键的克隆之一—金黄色葡萄球菌usa300，由于cp5生物合成所必需的cap-5启动子区的点突变，该金黄色葡萄球菌已被发现无法形成可检测的荚膜[5]。另一项研究也表明cp阴性表型在usa300分离株中持续存在，并且是这种高度成功的mrsa谱系的通用特征性状[6]。因此，由cp抗原组成的疫苗无法在预防金黄色葡萄球菌感染方面表现出高效力。
6、鉴于过去针对金黄色葡萄球菌的疫苗的失败，需要不同的方法来产生有效的疫苗。
技术实现思路
1、随着基因组修饰技术的快速发展，在疫苗中利用合成细菌载体已成为有前景的策略之一。本研究的目的是找到构建细菌疫苗载体的一般方法，这些细菌疫苗载体可用有效的抗原展示进行调节，并在针对多种病原体的各种感染模型中引发免疫原性。通过敲除荚膜基因对低毒力的金黄色葡萄球菌菌株进行工程改造。通过这样做，新型减毒菌株与其表达功能性cp的野生型菌株相比，在小鼠模型中进一步表现出更高的免疫原性。由于cp的表达掩盖了细菌表面和表面相关蛋白，预期去除cp将暴露更多的细胞表面蛋白并能够实现更高的吞噬速率，从而进一步增加宿主免疫系统的抗原识别。此外，已经证明位于cp上的不同组的表位对金黄色葡萄球菌感染的保护作用是无效的。通过从细菌载体中去除这些免疫显性抗原，更多的保护性表位可被免疫细胞识别，并且潜在地引发更多的保护性记忆t细胞和抗体应答。
2、在这方面，本发明提供至少以下实施方案：
3、实施方案1.一种活细菌菌株，与相应的对照菌株相比，所述活细菌菌株不产生荚膜或荚膜产生减少，并且/或者所述活细菌菌株中一种或多种荚膜多糖合成基因的表达减少。
4、实施方案2.根据实施方案1所述的活细菌菌株，其中与相应的对照菌株相比，所述活细菌菌株中的荚膜产生减少至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％或至少约90％或更多，优选地，所述活细菌菌株不产生荚膜。
5、实施方案3.根据实施方案1或2所述的活细菌菌株，其中与相应的对照菌株相比，所述活细菌菌株中荚膜多糖的产生减少至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％或至少约90％或更多，优选地，所述活细菌菌株不产生荚膜多糖。
6、实施方案4.根据实施方案1至3中任一项所述的活细菌菌株，其中所述活细菌菌株中一种或多种荚膜多糖合成基因的表达减少。
7、实施方案5.根据实施方案4所述的活细菌菌株，其中与相应的对照菌株相比，所述活细菌菌株中一种或多种荚膜多糖合成基因的表达减少至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％或至少约90％或更多。
8、实施方案6.根据实施方案4所述的活细菌菌株，其中所述活细菌菌株中所有荚膜多糖合成基因的所述表达均减少。
9、实施方案7.根据实施方案6所述的活细菌菌株，其中与相应的对照菌株相比，所述活细菌菌株中所有荚膜多糖合成基因的表达减少至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％或至少约90％或更多。
10、实施方案8.根据实施方案1至3中任一项所述的活细菌菌株，其中所述活细菌菌株中不表达荚膜多糖合成基因。
11、实施方案9.根据实施方案1至8中任一项所述的活细菌菌株，其中所述活菌株包含所述一种或多种荚膜多糖合成基因内的一个或多个突变，优选地，所述活细菌菌株中的所有荚膜多糖合成基因都是突变的。
12、实施方案10.根据实施方案9所述的活细菌菌株，其中所述荚膜多糖合成基因中的所述突变导致荚膜多糖合成蛋白的表达减少或不表达，或导致活性降低或无活性的荚膜多糖合成蛋白的表达。
13、实施方案11.根据实施方案1至10中任一项所述的活细菌菌株，其中所述突变包括所述一种或多种荚膜多糖合成基因的缺失，优选地，完全缺失或部分缺失所述活细菌菌株中的所有荚膜多糖合成基因，更优选地，完全缺失所述活细菌菌株中的所有荚膜多糖合成基因。
14、实施方案12.根据实施方案9至11中任一项所述的活细菌菌株，所述突变通过同源重组或通过靶向诱变来实现，诸如经由crispr、talen或zfn技术来实现。
15、实施方案13.根据实施方案1至12中任一项所述的活细菌菌株，其中与相应的对照菌株相比，所述活细菌菌株具有降低的毒力，例如所述活细菌菌株的所述毒力降低至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％或至少约90％或更多。
16、实施方案14.根据实施方案1至13中任一项所述的活细菌菌株，其中与相应的对照菌株相比，所述活细菌菌株具有增加的免疫原性，例如所述活细菌菌株的所述免疫原性增加至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约100％、至少约150％、至少约200％、至少约250％、至少约300％或更多。
17、实施方案15.根据实施方案1至14中任一项所述的活细菌菌株，其中所述活细菌菌株来源于作为临床分离物的亲代菌株。
18、实施方案16.根据实施方案1至14中任一项所述的活细菌菌株，其中所述活细菌菌株来源于已具有低毒力的亲代菌株。
19、实施方案17.根据实施方案1至16中任一项所述的活细菌菌株，其中所述活细菌菌株来源于金黄色葡萄球菌(staphylococcus aureus)、肺炎链球菌(streptococcuspneumoniae)、b组链球菌(group b streptococci)、流感嗜血杆菌(haemophilusinfluenzae)、脑膜炎奈瑟氏球菌(n.meningitidis)、铜绿假单胞菌(pseudomonasaeruginosa)、肺炎克雷伯氏菌(klebsiella pneumoniae)、百日咳博德特氏菌(bordetellapertussis)、伤寒沙门氏菌(salmonella typhi)或鲍曼不动杆菌(acinetobacterbaumannii)。
20、实施方案18.根据实施方案1至17中任一项所述的活细菌菌株，其中所述活细菌菌株是金黄色葡萄球菌活菌株，优选地，来源于金黄色葡萄球菌血清型5或血清型8的金黄色葡萄球菌活菌株，更优选地，来源于金黄色葡萄球菌血清型5的金黄色葡萄球菌活菌株。
21、实施方案19.根据实施方案18所述的活细菌菌株，其中所述金黄色葡萄球菌活菌株来源于金黄色葡萄球菌newman菌株。
22、实施方案20.根据实施方案18或19所述的活细菌菌株，其中所述金黄色葡萄球菌活菌株还缺乏腺苷合酶a(adsa)活性或具有降低的腺苷合酶a(adsa)活性。
23、实施方案21.根据实施方案20所述的活细菌菌株，其中所述金黄色葡萄球菌活菌株包含编码adsa的adsa基因中的突变。
24、实施方案22.根据实施方案18至21中任一项所述的活细菌菌株，其中所述一种或多种荚膜多糖合成基因选自：capa、capb、capc、capd、cape、capf、capg、caph、capi、capj、capk、capl、capm、capn、capo和capp。
25、实施方案23.根据实施方案22所述的活细菌菌株，其中所述金黄色葡萄球菌活菌株中的所有所述多糖合成基因capa、capb、capc、capd、cape、capf、capg、caph、capi、capj、capk、capl、capm、capn、capo和capp均缺失。
26、实施方案24.根据实施方案1至23中任一项所述的活细菌菌株，所述活细菌菌株用作表达目标蛋白质的活表达载体。
27、实施方案25.根据实施方案1至24中任一项所述的活细菌菌株，其中所述活细菌菌株还包含目标蛋白质的编码序列，并且由此能够表达所述目标蛋白质。
28、实施方案26.根据实施方案25所述的活细菌菌株，其中将所述目标蛋白质的所述编码序列引入所述活细菌菌株中，例如通过核酸表达构建体。
29、实施方案27.根据实施方案26所述的活细菌菌株，其中所引入的所述目标蛋白质的编码序列整合到所述活细菌菌株的基因组中。
30、实施方案28.根据实施方案24至27中任一项所述的活细菌菌株，其中所述目标蛋白质表达并展示在所述活细菌菌株的细胞表面上；或者所述目标蛋白质表达并分泌出所述活细菌菌株的细胞。
31、实施方案29.根据实施方案24至28中任一项所述的活细菌菌株，其中所述目标蛋白质选自抗体或抗原，优选地，所述目标蛋白质是抗原，
32、例如，所述抗原选自esxa、esxb、pmta、pmtc、pdhc、突变的hla、突变的spa等。
33、实施方案30.根据实施方案1至29中任一项所述的活细菌菌株，所述活细菌菌株用于预防和/或治疗细菌感染。
34、实施方案31.根据实施方案1至30中任一项所述的活细菌菌株在制备用于预防或治疗细菌感染的组合物诸如疫苗中的用途。
35、实施方案32.根据实施方案31所述的用途，其中所述细菌感染是由例如所述活细菌菌株所来源于的物种引起的感染。
36、实施方案33.一种用于预防或治疗细菌感染的组合物，诸如疫苗，所述组合物包含根据实施方案1至30中任一项所述的活细菌菌株。
37、实施方案34.根据实施方案33所述的组合物，其中所述组合物还包含佐剂和/或药学上可接受的载体。
38、实施方案35.一种用于预防和/或治疗受试者的细菌感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的根据实施方案1至30中任一项所述的活细菌菌株，或根据实施方案33或34所述的组合物。
39、实施方案36.根据实施方案31至32中任一项所述的用途、根据实施方案33至34中任一项所述的组合物或根据实施方案35所述的方法，其中所述细菌感染是金黄色葡萄球菌感染。
40、实施方案37.根据实施方案36所述的用途、组合物或方法，其中所述金黄色葡萄球菌感染是皮肤感染、软组织感染或侵袭性疾病。
41、实施方案38.根据实施方案37所述的用途、组合物或方法，其中所述侵袭性疾病是血流感染、心内膜炎或败血症。
42、实施方案39.根据实施方案36至38中任一项所述的用途、组合物或方法，其中所述金黄色葡萄球菌感染是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant s.aureus，mrsa)感染或甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(methicillin-sensitive s.aureus，mssa)感染，优选地，所述感染是复发性金黄色葡萄球菌感染。
43、实施方案40.一种用于产生具有降低的毒力和/或增加的免疫原性的活细菌菌株的方法，所述方法包括减少所述活细菌菌株中的荚膜产生，以及/或者减少所述活细菌菌株中一种或多种荚膜多糖合成基因的表达。
44、实施方案41.根据实施方案40所述的方法，其中所述方法包括减少所述活细菌菌株中荚膜多糖的所述产生。
45、实施方案42.根据实施方案40或41所述的方法，其中所述方法包括减少所述活细菌菌株中一种或多种荚膜多糖合成基因的表达。
46、实施方案43.根据实施方案40至42中任一项所述的方法，其中所述方法包括将一个或多个突变引入所述活细菌菌株中的所述一种或多种荚膜多糖合成基因中。
47、实施方案44.根据实施方案43所述的方法，其中所述活细菌菌株中的所有荚膜多糖合成基因都是突变的。
48、实施方案45.根据实施方案43所述的方法，其中缺失一种或多种荚膜多糖合成基因，优选地，缺失本发明的所述活细菌菌株中的所有荚膜多糖合成基因。
49、实施方案46.根据实施方案40至45中任一项所述的方法，其中所述活细菌菌株来源于金黄色葡萄球菌，例如，所述活细菌菌株来源于金黄色葡萄球菌血清型5或血清型8。
50、实施方案47.根据实施方案46所述的方法，其中所述一种或多种荚膜多糖合成基因选自：capa、capb、capc、capd、cape、capf、capg、caph、capi、capj、capk、capl、capm、capn、capo和capp。
51、实施方案48.根据实施方案43至47中任一项所述的方法，其中所述突变诸如缺失通过同源重组例如双同源重组，或通过靶向诱变诸如经由crispr、talen或zfn技术来实现。
52、实施方案49.根据实施方案40至48中任一项所述的方法，其中所述方法还包括将目标蛋白质的编码序列引入所述活细菌菌株中，由此使得所述活细菌菌株能够表达所述目标蛋白质。
53、实施方案50.根据实施方案49所述的方法，其中通过核酸表达构建体将所述目标蛋白质的所述编码序列引入所述活细菌菌株中。
54、实施方案51.根据实施方案49或50所述的方法，其中所引入的所述目标蛋白质的编码序列整合到所述活细菌菌株的基因组中。
55、实施方案52.根据实施方案49至51中任一项所述的方法，其中所述目标蛋白质选自抗体或抗原，优选抗原，
56、例如，所述抗原选自esxa、esxb、pmta、pmtc、pdhc、突变的hla、突变的spa等。
1.一种活细菌菌株，与相应的对照菌株相比，所述活细菌菌株不产生荚膜或荚膜产生减少，和/或所述活细菌菌株中一种或多种荚膜多糖合成基因的表达减少。
2.根据权利要求1所述的活细菌菌株，其中与相应的对照菌株相比，所述活细菌菌株中的所述荚膜产生减少至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％或至少约90％或更多，优选地，所述活细菌菌株不产生荚膜。
3.根据权利要求1或2所述的活细菌菌株，其中与相应的对照菌株相比，所述活细菌菌株中荚膜多糖的产生减少至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％或至少约90％或更多，优选地，所述活细菌菌株不产生荚膜多糖。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的活细菌菌株，其中所述活细菌菌株中一种或多种荚膜多糖合成基因的表达减少。
5.根据权利要求4所述的活细菌菌株，其中与相应的对照菌株相比，所述活细菌菌株中一种或多种荚膜多糖合成基因的表达减少至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％或至少约90％或更多。
6.根据权利要求4所述的活细菌菌株，其中所述活细菌菌株中所有荚膜多糖合成基因的表达均减少。
7.根据权利要求6所述的活细菌菌株，其中与相应的对照菌株相比，所述活细菌菌株中所有荚膜多糖合成基因的表达减少至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％或至少约90％或更多。
8.根据权利要求1至3中任一项所述的活细菌菌株，其中所述活细菌菌株中不表达荚膜多糖合成基因。
9.根据权利要求1至8中任一项所述的活细菌菌株，其中所述活菌株包含所述一种或多种荚膜多糖合成基因内的一个或多个突变，优选地，所述活细菌菌株中的所有荚膜多糖合成基因都是突变的。
10.根据权利要求9所述的活细菌菌株，其中所述荚膜多糖合成基因中的所述突变导致荚膜多糖合成蛋白的表达减少或不表达，或导致活性降低或无活性的荚膜多糖合成蛋白的表达。
11.根据权利要求1至10中任一项所述的活细菌菌株，其中所述突变包括所述一种或多种荚膜多糖合成基因的缺失，优选地，所述活细菌菌株中的所有荚膜多糖合成基因完全缺失或部分缺失，更优选地，所述活细菌菌株中的所有荚膜多糖合成基因完全缺失。
12.根据权利要求9至11中任一项所述的活细菌菌株，所述突变通过同源重组或通过靶向诱变来实现，诸如经由crispr、talen或zfn技术来实现。
13.根据权利要求1至12中任一项所述的活细菌菌株，其中与相应的对照菌株相比，所述活细菌菌株具有降低的毒力，例如所述活细菌菌株的所述毒力降低至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％或至少约90％或更多。
14.根据权利要求1至13中任一项所述的活细菌菌株，其中与相应的对照菌株相比，所述活细菌菌株具有增加的免疫原性，例如所述活细菌菌株的所述免疫原性增加至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约100％、至少约150％、至少约200％、至少约250％、至少约300％或更多。
15.根据权利要求1至14中任一项所述的活细菌菌株，其中所述活细菌菌株来源于作为临床分离物的亲代菌株。
16.根据权利要求1至14中任一项所述的活细菌菌株，其中所述活细菌菌株来源于已具有低毒力的亲代菌株。
17.根据权利要求1至16中任一项所述的活细菌菌株，其中所述活细菌菌株来源于金黄色葡萄球菌(staphylococcus aureus)、肺炎链球菌(streptococcus pneumoniae)、b组链球菌(group b streptococci)、流感嗜血杆菌(haemophilus influenzae)、脑膜炎奈瑟氏球菌(n.meningitidis)、铜绿假单胞菌(pseudomonas aeruginosa)、肺炎克雷伯氏菌(klebsiella pneumoniae)、百日咳博德特氏菌(bordetella pertussis)、伤寒沙门氏菌(salmonella typhi)或鲍曼不动杆菌(acinetobacter baumannii)。
18.根据权利要求1至17中任一项所述的活细菌菌株，其中所述活细菌菌株是金黄色葡萄球菌活菌株，优选地，来源于金黄色葡萄球菌血清型5或血清型8的金黄色葡萄球菌(s.aureus)活菌株，更优选地，来源于金黄色葡萄球菌血清型5的金黄色葡萄球菌活菌株。
19.根据权利要求18所述的活细菌菌株，其中所述金黄色葡萄球菌活菌株来源于金黄色葡萄球菌newman菌株。
20.根据权利要求18或19所述的活细菌菌株，其中所述金黄色葡萄球菌活菌株还缺乏腺苷合酶a(adsa)活性或具有降低的腺苷合酶a(adsa)活性。
21.根据权利要求20所述的活细菌菌株，其中所述金黄色葡萄球菌活菌株包含编码adsa的adsa基因中的突变。
22.根据权利要求18至21中任一项所述的活细菌菌株，其中所述一种或多种荚膜多糖合成基因选自下组：capa、capb、capc、capd、cape、capf、capg、caph、capi、capj、capk、capl、capm、capn、capo和capp。
23.根据权利要求22所述的活细菌菌株，其中所述金黄色葡萄球菌活菌株中所有的多糖合成基因capa、capb、capc、capd、cape、capf、capg、caph、capi、capj、capk、capl、capm、capn、capo和capp均缺失。
24.根据权利要求1至23中任一项所述的活细菌菌株，所述活细菌菌株用作表达目标蛋白质的活表达载体。
25.根据权利要求1至24中任一项所述的活细菌菌株，其中所述活细菌菌株还包含目标蛋白质的编码序列，并且由此能够表达所述目标蛋白质。
26.根据权利要求25所述的活细菌菌株，其中将所述目标蛋白质的编码序列引入所述活细菌菌株中，例如通过核酸表达构建体。
27.根据权利要求26所述的活细菌菌株，其中所引入的所述目标蛋白质的编码序列整合到所述活细菌菌株的基因组中。
28.根据权利要求24至27中任一项所述的活细菌菌株，其中所述目标蛋白质被表达并展示在所述活细菌菌株的细胞表面上；或者所述目标蛋白质被表达并分泌出所述活细菌菌株的细胞。
29.根据权利要求24至28中任一项所述的活细菌菌株，其中所述目标蛋白质选自抗体或抗原，优选地，所述目标蛋白质是抗原，
30.根据权利要求1至29中任一项所述的活细菌菌株，所述活细菌菌株用于预防和/或治疗细菌感染。
31.根据权利要求1至30中任一项所述的活细菌菌株在制备用于预防或治疗细菌感染的组合物诸如疫苗中的用途。
32.根据权利要求31所述的用途，其中所述细菌感染是由例如所述活细菌菌株所来源于的物种引起的感染。
33.一种组合物，诸如疫苗，用于预防或治疗细菌感染，所述组合物包含根据权利要求1至30中任一项所述的活细菌菌株。
34.根据权利要求33所述的组合物，其中所述组合物还包含佐剂和/或药学上可接受的载体。
35.一种用于预防和/或治疗受试者的细菌感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的根据权利要求1至30中任一项所述的活细菌菌株，或根据权利要求33或34所述的组合物。
36.根据权利要求31至32中任一项所述的用途、根据权利要求33至34中任一项所述的组合物或根据权利要求35所述的方法，其中所述细菌感染是金黄色葡萄球菌感染。
37.根据权利要求36所述的用途、组合物或方法，其中所述金黄色葡萄球菌感染是皮肤感染、软组织感染或侵袭性疾病。
38.根据权利要求37所述的用途、组合物或方法，其中所述侵袭性疾病是血流感染、心内膜炎或败血症。
39.根据权利要求36至37中任一项所述的用途、组合物或方法，其中所述金黄色葡萄球菌感染是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant s.aureus，mrsa)感染或甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(methicillin-sensitive s.aureus，mssa)感染，优选地，所述感染是复发性金黄色葡萄球菌感染。
40.一种用于产生具有降低的毒力和/或增加的免疫原性的活细菌菌株的方法，所述方法包括减少所述活细菌菌株中的荚膜产生，以及/或者减少所述活细菌菌株中一种或多种荚膜多糖合成基因的表达。
41.根据权利要求40所述的方法，其中所述方法包括减少所述活细菌菌株中荚膜多糖的产生。
42.根据权利要求40或41所述的方法，其中所述方法包括减少所述活细菌菌株中一种或多种荚膜多糖合成基因的表达。
43.根据权利要求40至42中任一项所述的方法，其中所述方法包括将一个或多个突变引入所述活细菌菌株中的所述一种或多种荚膜多糖合成基因中。
44.根据权利要求43所述的方法，其中所述活细菌菌株中的所有荚膜多糖合成基因都是突变的。
45.根据权利要求43所述的方法，其中缺失一种或多种荚膜多糖合成基因，优选地，缺失本发明的所述活细菌菌株中的所有荚膜多糖合成基因。
46.根据权利要求40至45中任一项所述的方法，其中所述活细菌菌株来源于金黄色葡萄球菌，例如，所述活细菌菌株来源于金黄色葡萄球菌血清型5或血清型8。
47.根据权利要求46所述的方法，其中所述一种或多种荚膜多糖合成基因选自：capa、capb、capc、capd、cape、capf、capg、caph、capi、capj、capk、capl、capm、capn、capo和capp。
48.根据权利要求43至47中任一项所述的方法，其中所述突变诸如缺失通过同源重组例如双同源重组，或通过靶向诱变诸如经由crispr、talen或zfn技术来实现。
49.根据权利要求40至48中任一项所述的方法，其中所述方法还包括将目标蛋白质的编码序列引入所述活细菌菌株中，由此使得所述活细菌菌株能够表达所述目标蛋白质。
50.根据权利要求49所述的方法，其中通过核酸表达构建体将所述目标蛋白质的所述编码序列引入所述活细菌菌株中。
51.根据权利要求49或50所述的方法，其中所引入的所述目标蛋白质的编码序列整合到所述活细菌菌株的基因组中。
52.根据权利要求49至51中任一项所述的方法，其中所述目标蛋白质选自抗体或抗原，优选抗原，
