本发明属于分子标记辅助育种，具体涉及一种鉴定西瓜果皮厚度的分子标记、引物对、方法、试剂盒及其应用。
背景技术：
1、西瓜[citrullus lanatus(thunb.)mansf.]是广泛种植于世界各地的葫芦科重要作物，作为西瓜十分重要的农艺性状之一，果皮厚度是影响西瓜商品品质的重要性状。厚果皮西瓜的耐贮运性一般强于薄果皮西瓜，但薄果皮西瓜普遍口感好，因此更受消费者青睐。已有研究表明，果皮厚度通常与果皮硬度、果皮韧性、耐贮运性和产量密切相关。对于甜瓜，产量深受果皮厚度的影响，但西瓜还未见相关报道。目前，对于西瓜果皮厚度的精细测量方法存在较为繁琐、准确性欠佳的问题。
2、作为目前常见的且技术成熟的分子标记，indel分子标记是指染色体序列上存在碱基的插入或缺失从而形成的能够区分的多态性分子标记。indel分子标记广泛分布于基因组中，仅需要pcr后使用聚丙烯酰胺凝胶电泳即可验证，且结果清晰，在相同物种不同材料中具有普遍适用性。因此，挖掘能够用于西瓜果皮厚度性状鉴定的indel分子标记，并将其应用于西瓜的种质资源筛选和分子育种过程，对于明确西瓜果皮厚度遗传机制对西瓜耐贮运资源改良具有重要意义。
技术实现思路
1、本发明公开了一种鉴定西瓜果皮厚度的分子标记、引物对、方法、试剂盒及其应用，解决了目前对于西瓜果皮厚度的精细测量方法较为繁琐、准确性欠佳的问题。
2、本发明的技术方案如下：
3、一种鉴定西瓜果皮厚度的分子标记，所述分子标记为核苷酸序列如seq id no.1所示的164bp片段和如seq id no.2所示的169bp片段；所述seq id no.1与厚果皮性状紧密连锁，所述seq id no.2与薄果皮性状紧密连锁；所述厚果皮性状的果皮厚度为大于等于0.7cm，薄果皮性状的果皮厚度为小于0.7cm。
4、一种鉴定西瓜果皮厚度的分子标记的引物对，所述引物对包括如seq id no.3所示的上游引物和如seq id no.4所示的下游引物。
5、所述引物对在鉴定西瓜果皮厚度中的应用，所述应用为利用引物对扩增西瓜基因组dna获得pcr产物，通过检测pcr产物鉴定西瓜果皮厚度，若pcr产物为164bp的片段，则判定为具有厚果皮性状；若pcr产物为169bp的片段，则判定具有薄果皮性状。
6、进一步的，所述西瓜基因组dna取自幼苗期、抽蔓期或结果期的任一一个时期。
7、一种鉴定西瓜果皮厚度的方法，所述方法包括如下步骤：
8、(1)提取待测西瓜的基因组dna；
9、(2)以步骤(1)获得的基因组dna为模板，利用引物对进行pcr扩增，获得pcr产物，通过检测pcr产物鉴定西瓜果皮厚度；所述引物对包括如seq id no.3所示的上游引物和如seq id no.4所示的下游引物；
10、进一步的，所述通过检测pcr产物鉴定西瓜果皮厚度的方法为若pcr产物为164bp的片段，则判定为具有厚果皮性状；若pcr产物为169bp的片段，则判定具有薄果皮性状。
11、上述方法在西瓜果皮厚度性状辅助鉴定、辅助育种及西瓜果皮厚度性状筛选中的应用。
12、一种用于鉴定西瓜果皮厚度性状的试剂盒，所述试剂盒含有引物对；所述引物对包括如seq id no.3所示的上游引物和如seq id no.4所示的下游引物。
13、进一步的，所述试剂盒的使用方法为利用所述引物对对西瓜基因组dna进行扩增，获得pcr产物，根据pcr产物的片段大小来鉴定西瓜果皮厚度。
14、所述试剂盒在西瓜果皮厚度性状辅助鉴定、辅助育种及西瓜果皮厚度性状筛选中的应用。
15、本发明前期构建了以薄果皮西瓜及厚果皮西瓜为亲本的遗传群体，利用基因组重测序和graded-seq技术得到了与西瓜果皮厚度紧密连锁的染色体区段。通过所构建的两年两点的遗传群体验证，在西瓜基因组2号染色体上定位到了稳定的主效定位区间。在该区间内开发indel分子标记，其与西瓜果皮厚度性状紧密连锁。通过分子标记辅助选择的方法，在获得了西瓜苗期的基因组dna后即可对西瓜果皮厚度性状进行分子标记辅助选择，提高育种的准确性和效率。该分子标记可应用于西瓜分子育种，为西瓜果皮厚度分子鉴定提供了高效分子育种工具。
16、本发明的引物对是利用亲本重测序数据开发和获得的与西瓜果皮厚度性状紧密连锁的分子标记设计的。不同西瓜材料基因组dna中该分子标记片段存在短序列插入和缺失的多态性，通过该引物对对西瓜幼苗基因组dna进行pcr扩增，利用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测pcr产物片段大小，即可以在苗期对西瓜果皮厚度类型进行分子鉴定。该鉴定方法在苗期提取待测西瓜样本的基因组dna即可实现西瓜果皮厚度类型的鉴定，操作简便，鉴定的准确度及效率高，为西瓜果皮厚度分子标记辅助选择育种提供了行之有效的育种工具及技术。
17、图1为实施例1中西瓜果皮厚度主效位点qpt2.1两年两点定位结果图；
18、图2为利用实施例2所述引物对对自然群体中薄果皮和厚果皮类型材料进行pcr扩增后获得的扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果图；其中，图片最左侧泳道为分子量marker(片段大小从上至下依次为2000bp、1000bp、750bp、500bp、250bp和100bp)，p1为实施例1中的母本的扩增产物检测结果，p2为实施例1中的父本的扩增产物检测结果，f1为p1与p2杂交获得的f1代的扩增产物检测结果。泳道5-42为自然群体中厚果皮类型西瓜材料的扩增产物检测结果，泳道43-48为自然群体中薄果皮类型西瓜材料的扩增产物检测结果。
1.一种鉴定西瓜果皮厚度的分子标记，其特征在于，所述分子标记为核苷酸序列如seqid no.1所示的164bp片段和如seq id no.2所示的169bp片段；所述seq id no.1与厚果皮性状紧密连锁，所述seq id no.2与薄果皮性状紧密连锁；所述厚果皮性状的果皮厚度为大于等于0.7cm，薄果皮性状的果皮厚度为小于0.7cm。
2.一种鉴定西瓜果皮厚度的分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对包括如seqid no.3所示的上游引物和如seq id no.4所示的下游引物。
3.权利要求2所述的引物对在鉴定西瓜果皮厚度中的应用，其特征在于，所述应用为利用引物对扩增西瓜基因组dna获得pcr产物，通过检测pcr产物鉴定西瓜果皮厚度，若pcr产物为164bp的片段，则判定为具有厚果皮性状；若pcr产物为169bp的片段，则判定具有薄果皮性状。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述西瓜基因组dna取自幼苗期、抽蔓期或结果期的任一一个时期。
5.一种鉴定西瓜果皮厚度的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述通过检测pcr产物鉴定西瓜果皮厚度的方法为若pcr产物为164bp的片段，则判定为具有厚果皮性状；若pcr产物为169bp的片段，则判定具有薄果皮性状。
7.权利要求5或6任意一项所述的方法在西瓜果皮厚度性状辅助鉴定、辅助育种及西瓜果皮厚度性状筛选中的应用。
8.一种用于鉴定西瓜果皮厚度性状的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒含有引物对；所述引物对包括如seq id no.3所示的上游引物和如seq id no.4所示的下游引物。
9.根据权利要求8所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒的使用方法为利用所述引物对对西瓜基因组dna进行扩增，获得pcr产物，根据pcr产物的片段大小来鉴定西瓜果皮厚度。
10.权利要求8所述的试剂盒在西瓜果皮厚度性状辅助鉴定、辅助育种及西瓜果皮厚度性状筛选中的应用。
