用于HLA-I和HPA多重PCR的引物组合物、应用和基因分型方法与流程

    专利2025-05-24  40


    本发明涉及生物,尤其是涉及一种用于hla-i和hpa多重pcr的引物组合物、应用和基因分型方法。


    背景技术:

    1、血小板具有粘附、释放、聚集等多种功能,在止血、凝血过程中起重要的作用。血小板输注可作为血小板减少症、出血性疾病以及恶性肿瘤放化疗、白血病、造血干细胞移植的支持手段。多次输注血小板后易产生血小板抗体而引起输注无效。导致血小板输注无效的因素包括免疫性因素和非免疫性因素。非免疫性因素包括发热、感染、dic(disseminatedintravascular coagulation,弥散性血管内凝血)和脾肿大等。

    2、免疫性ptr(platelet transfusion refractoriness,血小板输注无效)主要与hla-i类抗体和hpa抗体有关。血小板表面存在着大量抗原,通常分为两类:一类是与其他血细胞或组织共有的抗原,称血小板相关抗原,如hla-i类抗原、abo抗原系统等;另一类是血小板特异性抗原,表现出血小板独特的遗传多态性,即人类血小板抗原(human plateletantigen,hpa),是位于血小板膜糖蛋白(glycoprotein,gp)上的抗原表位。而目前血小板输注仅考虑abo同型输注,这样多次反复输注血小板会产生同种免疫抗体,进而引起血小板输注无效。

    3、目前解决免疫性ptr最常见的办法是进行随机血小板血清学交叉配型,选择血清学配型相合的血小板进行输注;另一种方法就是血小板基因配型,即选择与患者hla-i类和/或hpa基因型相配合的献血者血小板进行输注,这种方法需要建立已知hla-i类、hpa基因分型数据的血小板供者基因数据库,选择hla-i类、hpa基因配合性的献血者血小板进行输注,解决免疫性血小板输注无效的问题。

    4、要建立已知hla和hpa基因分型数据的血小板供者库就需要建立准确、方便、高通量的hla和hpa基因分型技术。目前检测hla和hpa的方法主要有pcr-ssp、pcr-sso、pcr-sbt和新一代测序(ngs)等,这些方法中pcr-ssp和pcr-sso的方法虽然简单快速,但是存在准确性不高的问题;pcr-sbt的方法虽然准确性高,但是检测过程工作量偏大,时间较长,此外上述几种方法只能单独检测hla-i类和hpa基因,未能实现同步检测;而最新的基于捕获方法的ngs技术虽然可以实现hla和hpa的同步高通量检测,但是由于需要设计合成诸多探针,其检测成本偏高,故现有方法均不利于快速建设血小板供者基因数据库,需要寻找新的检测策略和方法。

    5、有鉴于此,特提出本发明。


    技术实现思路

    1、本发明的目的在于提供一种用于hla-i和hpa多重pcr的引物组合物,以改进hla和hpa基因分型方法,基于该引物组合物,本发明的目的还在于提供其应用和hla-i和hpa基因分型的方法。

    2、为解决上述技术问题,本发明特采用如下技术方案:

    3、第一方面,提供了一种用于hla-i和hpa多重pcr的引物组合物,其包含:

    4、hla-a引物对:包含核苷酸序列如seq id no.1所示的引物hla-af,和核苷酸序列如seq id no.2所示的引物hla-ar;

    5、hla-b引物对,包含核苷酸序列如seq id no.3所示的引物hla-bf,和核苷酸序列如seq id no.4所示的引物hla-br;

    6、hla-c引物对,包含核苷酸序列如seq id no.5所示的引物hla-cf,和核苷酸序列如seq id no.6所示的引物hla-cr;

    7、hpa-1,4引物对,包含核苷酸序列如seq id no.7所示的引物hpa-1,4f,和核苷酸序列如seq id no.8所示的引物hpa-1,4r;

    8、hpa-2引物对,包含核苷酸序列如seq id no.9所示的引物hpa-2f,和核苷酸序列如seq id no.10所示的引物hpa-2r;

    9、hpa-3引物对,包含核苷酸序列如seq id no.11所示的引物hpa-3f,和核苷酸序列如seq id no.12所示的引物hpa-3r;

    10、hpa-5引物对,包含核苷酸序列如seq id no.13所示的引物hpa-5f,和核苷酸序列如seq id no.14所示的引物hpa-5r;

    11、hpa-6w引物对,包含核苷酸序列如seq id no.15所示的引物hpa-6wf,和核苷酸序列如seq id no.16所示的引物hpa-6wr;

    12、hpa-15引物对,包含核苷酸序列如seq id no.17所示的引物hpa-15f,和核苷酸序列如seq id no.18所示的引物hpa-15r;

    13、hpa-21w引物对,包含核苷酸序列如seq id no.19所示的引物hpa-21wf,和核苷酸序列如seq id no.20所示的引物hpa-21wr。

    14、第二方面,提供了第一方面的引物组合物在如下(ⅰ)~(ⅴ)任意一项中的应用:

    15、(ⅰ)扩增hla-i和hpa基因或制备用于扩增hla-i和hpa基因的试剂盒;

    16、(ⅱ)构建hla-i和hpa基因测序文库或制备用于构建hla-i和hpa基因测序文库的试剂盒;

    17、(ⅲ)用于hla-i和hpa基因测序或制备hla-i和hpa基因测序试剂盒;

    18、(ⅳ)用于hla-i和hpa基因分型或制备hla-i和hpa基因分型试剂盒;

    19、(ⅴ)制备血小板基因配型试剂盒。

    20、第三方面,提供了一种用于hla-i和hpa扩增的试剂盒,该试剂盒包含第一方面的引物组合物。

    21、第四方面,提供了一种hla-i和hpa基因分型的方法,包括使用第一方面的引物组合物扩增待测样本中的hla-i和hpa基因;将扩增产物构建为测序文库,然后测序并对测序数据进行生物信息学分析,获得待测样本中hla-i和hpa的基因型;

    22、所述扩增为多重pcr扩增;

    23、hla-i类抗原包括hla-a、hla-b和hla-c;hpa抗原包括hpa-1、hpa-2、hpa-3、hpa-4、hpa-5、hpa-6w、hpa-15和hpa-21w。

    24、与现有技术相比,本发明具有如下有益效果:

    25、本发明通过设计特异性引物,实现了在同一体系下的同时扩增hla-i类和hpa-1、hpa-2、hpa-3、hpa-4、hpa-5、hpa-6w、hpa-15和hpa-21w基因,可有效降低检测成本,节约检测实验时间,从而满足患者的应急需求。且经验证,使用本发明提供的引物组合物到的扩增产物测序后,hla-i和hpa分型与已知分型的样本符合率为100%。

    26、本发明提供的hla-i和hpa基因分型的方法,在多重pcr方法的基础上结合测序技术,具有高通量、快速、准确,以及同步检测hla-i类和hpa基因的特点。该方法将有利于提高血小板供者基因库hla和hpa基因检测效率,可以应用于血小板供者基因数据库建设,以便扩展血小板供者基因数据库规模和基因配合工作,提高血小板输注的安全性及有效性,节约血小板资源,提升血液安全。


    技术特征:

    1.用于hla-i和hpa多重pcr的引物组合物,其特征在于,包含:

    2.根据权利要求1所述的引物组合物,其特征在于,各引物的工作浓度为:

    3.根据权利要求2所述的引物组合物,其特征在于,各引物的工作浓度为:

    4.权利要求1~3任一项所述的引物组合物在如下(ⅰ)~(ⅴ)任意一项中的应用:

    5.用于hla-i和hpa扩增的试剂盒,其特征在于,包含权利要求1~3任一项所述的引物组合物。

    6.hla-i和hpa基因分型的方法,其特征在于,包括使用权利要求1~3任一项所述的引物组合物扩增待测样本中的hla-i和hpa基因;将扩增产物构建为测序文库,然后测序并对测序数据进行生物信息学分析,获得待测样本中hla-i和hpa的基因型;

    7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,以基因组dna作为扩增模板;

    8.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,采用转座子酶的方法进行文库制备。

    9.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,使用二代测序获得测序数据;

    10.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,使用软件typestream visual software进行hla-a、hla-b和hla-c分型;使用软件clc main workbench进行hpa-1、hpa-2、hpa-3、hpa-4、hpa-5、hpa-6w、hpa-15和hpa-21w分型。


    技术总结
    本发明提供了一种用于HLA‑I和HPA多重PCR的引物组合物、应用和基因分型方法,涉及生物技术领域。用于HLA‑I和HPA多重PCR的引物组合物包括核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1~20的引物组合,基于该引物进行多重PCR,将扩增产物进行建库测序并进行生物信息学分析,获得待测样本中HLA‑I和HPA的基因型,具有高通量、快速和准确的优势,可有效降低HLA‑I和HPA基因分型成本,节约检测实验时间。

    技术研发人员:和艳敏,朱发明,王芳,洪小珍
    受保护的技术使用者:浙江省血液中心
    技术研发日:
    技术公布日:2024/4/29
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